Die Mecklenburgische Seenplatte ist ein Gebiet, das neben seinen großen Seen auch durch zahlreiche kleine Gewässer besticht. Einige liegen im Naturschutzgebiet, an anderen sind auch Wassersportaktivitäten möglich.

Großer Pätschsee: See mit bewaldetem Ufer, der vor allem bei Tauchern und Anglern beliebt ist; am Westufer befindet sich der slawische Burgwall Zislow aus dem 9. Jahrhundert

Petersdorfer See: Baden, Tauchen und Surfen

Malchower See: Gewässer auf dem Stadtgebiet von Malchow mit Wassersportmöglichkeiten

Jabelscher See: Von Naturschutzgebieten umgebener See westlich der Müritz

Loppiner See: Lang gezogener See westlich der Müritz, der durch seine Ruhe sowie die schönen Fahrradwege, Angel- und Wassersportmöglichkeiten viele Besucher anzieht

Feisnecksee: Kleiner, südöstlich von Waren (Müritz) gelegener See mit im Nationalpark