Der Kleine Arbersee ist ein Relikt aus der Eiszeit und einer von drei Karseen im Bayerischen Wald. Kare sind kesselförmige Vertiefungen an Berghängen, für die kurze Gletscher verantwortlich sind. Sammelt sich hier Wasser, spricht man von einem Karsee.

Der Kleine Arbersee liegt an der westlichen Flanke des mit 1456 Meter höchsten Berges des Bayerischen Waldes, dem Großen Arber. Der Kleiner Arbersee befindet sich inmitten eines 1959 geschaffenen Naturschutzgebietes, das auch den Wald und die Moore der Umgebung einbezieht. An den Ufern ist hier etwas ganz besonderes zu beobachten: Der so genannte Schwingrasen. Darunter versteht man eine Pflanzendecke aus Moosen und anderen Pflanzen, die auf dem Wasser schwimmen und eine zusammenhängende Fläche bilden. Im kleinen Arbersee sind diese zum Teil so dick, dass Bäume auf ihnen wachsen.

Durch das weitläufige Naturschutzgebiet sind Boot fahren und Baden im Kleinen Arbersee nicht erlaubt. Wer jedoch die Natur liebt, kann hier die Ruhe genießen und mit etwas Glück seltene Pflanzen wie die Orchidee Sumpf-Weichorchis oder einen Biber entdecken.